Thủ tục Hải quan là những việc phải làm của người có hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu, có phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh hoặc của người được uỷ quyền (gọi tắt là người khai hải quan) theo quy định của Luật Hải quan và các luật khác có liên quan.

Thủ tục Hải quan điện tử được thực hiện theo Quyết định 52/2007/QĐ-BTC ngày 22/6/2007 của Bộ Tài chính về việc ban hành Quy định về thí điểm thủ tục hải quan điện tử và các văn bản liên quan.

1.  Trình tự khai báo Hải quan chung

- Khai báo trên tờ khai hải quan
- Nộp, xuất trình chứng từ, hồ sơ kèm theo tờ khai hải quan
- Xuất trình hàng hoá, phương tiện vận tải để cơ quan hải quan kiểm tra.
- Thực hiện yêu cầu của các cơ quan chức năng đối với hàng hoá XNK (kiểm tra chất lượng, kiểm dịch, phân tích, giám  định hàng hoá...)
- Nộp thuế, lệ phí và các khoản thu khác
- Tiếp nhận hàng hoá, hành lý, phương tiện vận tải sau khi thông quan
- Thủ tục Hải quan theo loại hình hàng hóa

2. Loại hình hàng hoá XNK chính

- Hàng hoá XNK theo hợp đồng thương mại
- Hàng gia công XNK
- Hàng sản xuất xuất khẩu
- Hàng xuất nhập vào khu chế xuất
- Hàng xuất nhập kho ngoại quan, kho bảo thuế
- Hàng nhập khẩu kinh doanh tại cửa hàng miễn thuế
- Hàng XNK đầu tư, hàng XNK tại chỗ
- Hàng kinh doanh tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập
- Hàng PMD XNK
- Hàng quà biếu, tặng XNK
- Hàng XNK qua các dịch vụ bưu chính, chuyển phát nhanh
- Hàng XNK, trao đổi của cư dân, kinh doanh tại chợ tại biên giới, chợ trong khu kinh tế cửa khẩu
-  Hàng tham dự hội chợ, triển lãm, giới thiệu sản phẩm
- Hàng ngoại giao
- Hàng yêu cầu khẩn cấp, an ninh, quốc phòng
- Hàng viện trợ không hoàn lại
- Tài sản di chuyển
- Máy móc, thiết bị, dụng cụ nghề nghiệp tạm nhập tái xuất
- Linh kiện phụ tùng sửa chữa tàu biển, máy bay nước ngoài
- Hàng hoá từ bỏ, thất lạc
- Hàng hoá mua bán trên phương tiện vận tải XNC tại cảng biển cảng sông Việt Nam
- Xăng dầu tạm nhập tái xuất
- Kim khí quý, đá quý, ngoại hối, tiền Việt Nam XNK


3. Một số lĩnh vực quản lý của cơ quan Nhà nước

- Điều hành XNK hàng hoá của Chính phủ
- Phân loại hàng hoá
- Giám định, kiểm tra chất lượng, kiểm dịch động - thực vật - y tế
- Xuất xứ hàng hoá
- Bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ, quyền tác giả.
- Đại lý thủ tục hải quan.
- Dán tem hàng nhập khẩu
- Một số chính sách đối với người Việt Nam ở nước ngoài